除了眾所關注的中關村產業搬遷，國家部委下屬事業單位和教育機構是否率先搬遷，也經歷了熱烈的討論。
“這不是件容易的事。”楊開忠表達了自己的看法。他將國家部委下屬的事業單位和教育機構分為大學和科研機構兩類。在他看來，就大學而言，可以分為研究型大學和教學型大學兩類，因為研究型大學是科技創新的核心功能，而教學型大學是科技創新的非核心功能，“像北大、清華這樣的研究型大學應繼續留在北京，而那些教學型大學可以向河北、天津轉移。”他同時表示，即便是研究型大學，對那些不能代表國家參與全球競爭的大學，也可以考慮進行適當的縮減。
就科研機構而言，楊開忠認為判斷是否搬遷也有兩個標準：首先，對那些非世界性的、在國際上不能代表中國的科研機構，可以考慮適度縮減；其次，對那些依附于行政機構的科研事業單位也應當隨著行政機構的縮減而縮減。而天津和河北兩地對比，“河北更適合承載北京分離出去的高校和科研機構的行政功能。”
中國人民大學經濟學院區域與城市經濟研究所所長孫久文認為，北京最適合的是知識型產業，科技、文化、教育、醫療、金融等產業，都是首都功能的重要組成部分。“旅游、文化、科技創新、金融以及一些高端的商務服務等，北京都可以保留；而傳統的批發、區域性物流等行業，可以根據市場的規律轉移出去。”孫久文說。
